赣州市境内包括长江流域鄱阳湖水系赣江上、中游区和珠江流域东江水系上游区河段，划分有 16 个水资源四级计算分区：上犹江、章水、桃江、濂水、湘水、贡水、梅江、平江、遂川江、赣江上游、孤江、赣江中游干流、东江上游、浈水、汀江、韩江梅江。
2023年，赣州市年平均降水量1542.2毫米，折合降水总量607.3197亿立方米，比上年减少1.5％，与多年均值相比减少3.1％，属于平水年份。地表水资源量277.2312亿立方米，占年降水总量的45.6％，折合年径流深704.0毫米，比上年减少11.5％，比多年均值减少17.8％。
2023 年，赣州市地下水资源量 68.3427 亿立方米，比上年增加 1.6％，与多年均值相比减少 26.6%。
2023 年，赣州市出(市)境水量 272.9380 亿立方米，其中从赣江出境水量 245.7022 亿立方米，从珠江出境水量 27.2358 亿立方米，外地流入（市）境水量 9.9851 亿立方米。
2023 年，赣州市现有大型水库 6 座，中型水库 47 座。年末大中型水库蓄水总量 15.4978 亿立方米，比年初增加 0.4483 亿立方米。
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