赣州市境内包括长江流域鄱阳湖水系赣江上、中游区和珠江流域东江水系上游区河段，划分有16个水资源四级计算分区：上犹江、章水、桃江、濂水、湘水、贡水、梅江、平江、遂川江、赣江上游、孤江、赣江中游干流、东江上游、浈水、汀江、韩江梅江。
2024年，赣州市年平均降水量1819.2毫米，折合降水总量716.3932亿立方米，比上年增加18.0％，与多年平均值相比增加14.3％。地表水资源量424.8867亿立方米，占年降水总量的59.3％，折合年径流深1078.9毫米，比上年增加53.3%，比多年平均值增加25.9％。
2024年，赣州市地下水资源量99.1247亿立方米，比上年增加45.0％，与多年均值相比增加6.5%。
2024年，赣州市出(市)境水量425.6201亿立方米，其中从赣江出境水量380.7731亿立方米，从珠江出境水量44.8470亿立方米，外地流入（市）境水量13.4914亿立方米。
2024年，赣州市现有大型水库6座，中型水库47座。年末大中型水库蓄水总量14.7080亿立方米，比年初减少0.7898亿立方米。
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