赣州市境内包括长江流域鄱阳湖水系赣江上、中游区和珠江流域东江水系上游区河段，划分有5个水资源三级计算分区：赣江上游区（栋背以上）、赣江中游区（栋背至峡江）、北江大坑口以上、东江秋香江口以上、韩江白莲以上。
2025年，赣州市年平均降水量1205.0毫米，折合降水总量474.5194亿立方米，比上年减少33.8％，与多年平均值相比减少24.3％。地表水资源量167.1514亿立方米，占年降水总量的35.2％，折合年径流深424.5毫米，比上年减少60.7%，比多年平均值减少50.5％。
2025年，赣州市地下水资源量49.7509亿立方米，比上年减少49.8％，与多年平均值相比减少46.5%。
2025年，赣州市出(市)境水量160.1895亿立方米，其中从赣江出境水量142.4521亿立方米，从珠江出境水量17.7374亿立方米，外地流入（市）境水量6.3743亿立方米。
2025年，赣州市现有大型水库6座，中型水库48座。年末大中型水库蓄水总量14.1306亿立方米，比年初减少0.5774亿立方米。
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